Los científicos de la Unidad de Biodiversidad y Epidemiología de Patógenos Bacterianos del Instituto Pasteur con el CNR y el Centro de Bioinformática y Bioestadística del Departamento de Biología Computacional desarrollaron un método basado en el genoma para identificar cepas del género Yersinia basado en la tipificación de secuencias multilocus de genoma central (cgMLST) . El estudio fue publicado en la revista Microbial Genomics.

El rendimiento del método se evaluó en 1.843 aislamientos recolectados por el Sistema de Vigilancia Nacional de Francia y se analizó en paralelo utilizando métodos de referencia fenotípicos, lo que condujo a un acuerdo del 98,4% a nivel de especies y de biotipo y serotipo infraespecífico. Para 29 aislamientos, las asignaciones fenotípicas incorrectas resultaron de características bioquímicas atípicas o falta de resolución fenotípica.

“Cuando escaneamos la secuencia de numerosos genes en el genoma de Yersinia para cada cepa, nos dimos cuenta de que cada bacteria tiene su propio perfil genético único. El método implica transformar este perfil genético en una especie de código de barras estandarizado ”, dijo Sylvain Brisse, jefe de la Unidad de Biodiversidad y Epidemiología de los Patógenos Bacterianos.

Al aplicar el método al género Yersinia, se identificaron más de 3.000 códigos de barras, algunos de los cuales revelaron nuevas especies.

El trabajo condujo a un lenguaje estandarizado que permitió a todos los laboratorios reconocer los códigos. Se dio acceso público a una base de datos de códigos de barras , o perfiles genómicos, y detalles de identificación asociados, lo que permitió a los laboratorios de todo el mundo identificar cepas de Yersinia utilizando sus propias secuencias genómicas.

Compartir sin restricciones los perfiles genómicos de referencia y los códigos de barras asociados ayudará a investigar las relaciones genéticas entre las cepas, permitirá la detección de brotes y mejorará la comprensión de cómo se transmiten las cepas entre el medio ambiente, los animales, los alimentos y los humanos.

Usando un algoritmo de clasificación automatizado, cada perfil genómico está vinculado a su especie y linaje genético.

“Nuestra comparación de los perfiles genéticos de las cepas de Yersinia reveló un nivel inesperado de biodiversidad que incluye varias especies nuevas y previamente desconocidas. Las cepas ahora se pueden identificar de manera extremadamente confiable en función de su perfil genómico ”, dijo Alexis Criscuolo, bioinformático del Departamento de Biología Computacional.