Para ello, la Ley de la Ciencia crea dos agencias de financiación para el nuevo "Sistema de I+D+i" español: la "Agencia Estatal de Investigación", para la financiación de la I+D en España, y por otro lado se reconoce al Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial o "CDTI", adjunto actualmente al Ministerio de Ciencia e Innovación, como agencia para la financiación de la Innovación.

En concreto, la Agencia Estatal de Investigación ha supuesto uno de los principales puntos de desacuerdo entre los grupos parlamentarios que, finalmente, han preferido consensuar en que esta agencia quede creada antes de que termine la legislatura socialista.

En declaraciones a los medios al término de la Comisión de Ciencia del Congreso, la encargada de defender la normativa en el trámite parlamentario, Juana Serna, ha explicado que esta agencia es "fundamental" para dar mayor eficiencia al uso de los recursos económicos y materiales del Sistema de Ciencia español.