Ha manifestado que la sostenibilidad será “el eje trasversal de todas nuestras acciones, nuestras políticas, nuestros objetivos y nuestros compromisos como seña de identidad común” del MARM al tiempo que ha asegurado que “pintar de verde el nombre del Ministerio no fue una frase retórica sino la expresión de una voluntad decidida de desarrollar políticas para dar a la ciudadanía y generar oportunidades cargadas de futuro”. Bajo este principio de sostenibilidad, se ha concebido la reorganización de los distintos departamentos del MARM con el objetivo de “reforzar la visión global desde una perspectiva medioambiental y desarrollar transversalmente las políticas de sostenibilidad y solidaridad”.

Respecto a la PAC, ha explicado que será una herramienta esencial que posibilita el desarrollo sostenible en las zonas rurales y su reforma "sentará las bases para la próxima década de un sector estratégico para la economía española como es el agroalimentario".

En cuanto al sector agroalimentario, Aguilar lo ha calificado como "dinámico, competitivo y moderno" y ha apostado por la promoción de las producciones españolas en el ámbito internacional y por las producciones de calidad diferenciadas como las procedentes de la agricultura ecológica. También ha señalado la necesidad de prestar "un apoyo específico a determinados sectores agroalimentarios estratégicos."