La Policía Federal Brasileña se encuentra investigando a JBS por la concesión de préstamos irregulares desde el Banco Nacional de Desarrollo Económico y Social de Brasil (BNDES) a su matriz, J&F Investimentos.

Una de las filiales del BNDES, BNDESPar, habría otorgado estos créditos entre 2007 y 2011, sin las debidas garantías, por cerca de 347 millones de euros. Hoy en día BNDESPar es propietaria del 21% de las acciones de JBS

Los créditos fueron utilizados durante la etapa de expansión más fuerte de JBS en la que realizó diversas compras e empresas tanto dentro como fuera del país.

Están siendo investigados Antonio Palocci, quien fuera ministro de Luiz Inácio Lula da Silva y Dilma Rousseff y hoy en día está preso acusado de recibir sobornos para favorecer a Petrobras. También se investiga a los hermanos Batista, Joesley y Wesley, junto a Luciano Coutinho, expresidente del banco brasileño.