El matadero de Mercavalencia ha obtenido el certificado de Bienestar animal Aenor Conform que acredita que cumple con los requisitos del modelo Aenor de Bienestar Animal, desarrollado junto al Instituto de Investigación y Tecnología Agroalimentarias (IRTA) y basado en el referencial europeo Welfare Quality, el principal referente europeo en materia de bienestar animal.

El presidente de Mercavalencia, Carlos Galiana ha manifestado que "la obtención de esta certificación responde a la política de calidad asumida por Mercavalencia y su compromiso con la mejora continua." Según Raquel Blasco, directora de calidad de Mercavalencia, "hemos adquirido el compromiso de superar de manera voluntaria los requisitos que marca la legislación en materia de calidad y bienestar animal, seguiremos trabajando en este sentido para mantener nuestras instalaciones como matadero de referencia "

En las instalaciones se realizó una exhaustiva auditoría mediante la evaluación de cuatro principios: buena alimentación, buen alojamiento, buen estado de salud y comportamiento apropiado para las necesidades de la especie. Estas están agrupados en doce criterios que van desde la ausencia de dolor por el manejo, lesiones o enfermedades; hasta garantizar los movimientos o un adecuado comportamiento de los animales, entre otros.

Asimismo, el matadero de Mercavalencia ha superado la auditoría para el mantenimiento de la certificación de matadero ecológico.