Su objetivo es el tratamiento de 9.470.000 t de purines/año, lo que permitirá reducir 2,23 millones de toneladas de CO₂ eq./año, obteniéndose en el periodo 2009-2012 unas reducciones totales de 8,9 Millones de toneladas de CO₂ eq.

Para ello el Plan contempla la implantación de procesos tecnológicos de metanización de los purines para la reducción de las emisiones de Gases de Efecto Invernadero (GEI) y, para las zonas de alta concentración ganadera, la posibilidad de complementar la metanización de los purines con postratamientos de reducción o eliminación de nitrógeno del purín.

Junto con la metanización de los purines y la valorización energética del biogas, el Plan incluye de forma complementaria a esos procesos, el fomento de la aplicación de las mejores tecnologías disponibles para reducir las emisiones de GEI y NH₃ en su aplicación al suelo, contemplando la mecanización de purines en "Digestores rurales sobre balsa" o "Digestores industriales de codigestión", pudiendo estos últimos tratar el purín de una sola granja o el de un grupo de granjas.