Dentro del capítulo de programas ganaderos se han repartido 23.314.204 euros, de los que 12.000.000 euros han sido asignados para el Plan de ordenación del sector cárnico y Plan integral para los sectores ovino y caprino y reparto de fondos para atender a las líneas de subvención destinadas a las agrupaciones de productores de ovino y caprino en el ejercicio 2009.

Para la línea de fomento del asociacionismo para la defensa sanitaria ganadera, se han distribuido 8.000.000 euros, y para el fomento de la selección y difusión de la mejora ganadera, 3.048.212 euros, de los que 1.978.908 euros se han destinado al control oficial del rendimiento lechero y 1.069.304 euros a la conservación de las razas autóctonas en peligro de extinción.

El Ministerio detalla que se ha tenido en cuenta el número de asociaciones de criadores de raza en peligro de extinción reconocidas por las Comunidades Autónomas y que, ante la disponibilidad presupuestaria, se ha incrementado la cantidad por asociación a 60.000 euros, respecto a los 40.000 establecidos en la pasada conferencia sectorial de abril. Para la mejora de la calidad y trazabilidad de los sectores ganaderos se ha asignado un total de 180.000 euros, que van destinadas a las ayudas "de mínimis" para implantación de sistemas de autocontrol en mercados de ganado y con el que se territorializa el 100% de la cuantía asignada en 2009.

Para la Prima Nacional complementaria a la Vaca Nodriza se han repartido 85.992 euros, utilizando como criterio de asignación el número de derechos de prima por vaca nodriza comunicado por las Comunidades Autónomas.