La propuesta prevé dos fases, permitiendo a los Estados miembros a prohibir el cultivo de transgénicos autorizados en la totalidad o parte de su territorio, por ninguna razón, excepto la seguridad alimentaria o la protección del medio ambiente.

Desde Bruselas, el secretario general del estima que "preocupa que el nuevo enfoque sobre el cultivo de transgénicos establece un precedente legal peligroso, poniendo en peligro el mercado interior de productos modificados genéticamente y distorsionando la competencia entre los agricultores de la UE por sus distintas posibilidades de acción. Por otra parte, los agricultores pueden enfrentarse a decisiones arbitrarias, no científicas, tomadas por las autoridades nacionales competentes en relación con el cultivo y la coexistencia de cultivos modificados genéticamente con los convencionales y orgánicos. Esto dará lugar a nuevos riesgos jurídicos y comerciales, que los agricultores no pueden cubrir”. El Copa-Cogeca afirma que la Comisión está tratando de tener un debate más racional, constructivo y equilibrado entre las partes interesadassobre los cultivos modificados genéticamente y seguir los avances científicos en la toma de decisiones, garantizando la libertad de opciones para los agricltores y consumidores así como la competitividad de la cadena alimentaria. Sin embargo, “tenemos grandes preocupaciones acerca de esta nueva iniciativa. También instamos a la Comisión que se asegure de que el independiente de la UE de Seguridad Alimentaria (EFSA) proceso de evaluación del riesgo sigue siendo la base del sistema de autorización de cultivos modificados genéticamente".

Frente a esto, desde el COPA-COGECA se está reclamando un umbral de niveles bajos de material modificado genéticamente no aprobado en las importaciones ya que es muy difícil la tolerancia cero en materia de transgénicos utilizados dentro de las materias primas para la fabricación de piensos para animales.