Las principales preocupaciones de la CNC en relación con el APLCA se refieren a algunos de los aspectos sobre los que ya llamaba la atención en su reciente Informe sobre competencia y sector agroalimentario. En dicho informe, entre otras cuestiones, se destaca en particular la aplicación de las normas de competencia a las conductas de todos los agentes del sector agroalimentario, la admisibilidad o inadmisibilidad, desde el punto de vista de la competencia, de determinadas conductas relativas a la fijación de precios y condiciones comerciales, y la gestión de la calidad agroalimentaria.

La CNC hace hincapié en su informe en la competencia entre entidades de gestión de la calidad diferenciada afirmando que se debe establecer una separación entre “sus tareas de verificación del pliego de condiciones antes de la comercialización de los productos acogidos a alguna modalidad de calidad diferenciada y sus tareas de control de dicha calidad”.