Las técnicas de secuenciación de nueva generación (NGS) están revolucionando el campo de la microbiología y, en especial, de los alimentos. Sin embargo, su aplicación en la industria alimentaria es muy limitada, principalmente por el desconocimiento que tienen las empresas sobre estas técnicas.

En la actividad demostrativa Técnicas de secuenciación de nueva generación para el control de microorganismos patógenos y alterantes de la industria alimentaria, con la financiación del Departamento de Acción Climática, Alimentación y Agenda Rural, de la Generalidad de Cataluña, el equipo de investigación del programa de Calidad y seguridad alimentarias del Instituto de Investigación y Tecnología Agroalimentarias (IRTA) pretende demostrar que esta técnica permite realizar un control microbiológico de los alimentos y del ambiente de procesamiento y minimiza el riesgo de contaminación cruzada de los alimentos. Así pues, se demostrará su potencial para mejorar la seguridad y la calidad de los alimentos frente a las técnicas microbiológicas tradicionales.

La nueva generación de tecnologías de secuenciación (del inglés, Next Generation Sequencing, NGS) permite recoger información de una muestra a escala genómica para identificar su secuencia de los fragmentos de DNA o la variación de los niveles de expresión de los genes en un tiempo relativamente corto y a un coste relativamente bajo. La aplicación de las técnicas de NGS en seguridad y calidad alimenticia tiene el potencial para abordar cuestiones que los métodos microbiológicos tradicionales no pueden resolver. «

"La aproximación al ecosistema alimentario desde diferentes ópticas, como la metagenómica, la metatranscriptómica, la metaproteómica y la metabolómica, permite una visión integral de qué microorganismos están presentes, cómo se comportan, cómo interactúan y cuáles son las manifestaciones fenotípicas en el mismo ámbito complejo», explica Belén Martín, investigadora del programa de Calidad y seguridad alimentarias del IRTA y responsable del proyecto.

A lo largo del proyecto se identificarán las técnicas que pueden aportar más beneficios y cuáles son los intereses específicos de las empresas por su implementación. Se realizarán encuestas a las empresas del sector para determinar el interés e implicación de la empresa en la caracterización microbiológica de sus productos, tanto a nivel de microorganismos patógenos como de microorganismos alterantes. También se realizará un estudio metataxonómico de muestras aportadas por empresas del sector, tanto de alimentos como del ambiente de procesamiento, para identificar los microorganismos responsables de la alteración de los productos de cada empresa, así como las principales fuentes de contaminación cruzada del ambiente de procesado.

"La aplicación de estas técnicas puede llevar a la industria alimentaria a un cambio de paradigma al concepto moderno de seguridad alimentaria, ya que se trata de un paso adelante en la gestión de la seguridad alimentaria y la mejora de la calidad de los productos", constata Martín.

La mejora de las técnicas de autocontrol en las empresas alimentarias permitirá garantizar la producción y comercialización de alimentos más seguros, minimizando las incidencias relacionadas con patógenos. Por otra parte, también supondrá una mejora en la calidad de los productos, reduciendo las contaminaciones de microorganismos alterantes. Esto permitirá incrementar el tiempo de vida útil durante el cual los alimentos mantienen sus características organolépticas en óptimas condiciones.

Todo se traducirá en un impacto económico positivo sobre el sector y en una mejora de la gestión de los procesos de producción, que evitarán las retiradas de producto, las alertas sanitarias o la aparición de brotes de enfermedades de transmisión alimentaria.